1990’lı yılların başlarında İSKİ Genel Müdürü olarak görev yapan Ergun Göknel 85 yaşında öldü.
Levent'te oğlunun evinde yaşlılığa bağlı sebeplerden dolayı tedavi görürken hayatını kaybeden Göknel için Zincirlikuyu Camii'nde cenaze töreni düzenlendi.
Törene, eski eşi Fatma Müjgan Doğan, oğlu Demir Göknel, gelini Güliz Göknel, yakınları ve İSKİ’de birlikte çalıştığı mesai arkadaşları katıldı. Cenazeye İSKİ Genel Müdürü Dr. Şafak Baba çelenk gönderdi. Taziyeleri Ergun Göknel'in oğlu Demir Göknel kabul etti. Göknel, öğle namazından sonra kılınan cenaze namazının ardından Zincirlikuyu Mezarlığı’nda toprağa verildi.
Göknel'in eski eşi Fatma Müjgan Doğan ise "Çok muhterem bir insandı. Yardımsever, şikayet etmeyen, çözüm odaklı ciddi bir yönetici ve iyi bir eşti. Ayrıldık ama daimi dost kaldık. Ergun bir sürü güzel erdemi kendinde toplamış bir insandı. Allah rahmet eylesin. Hislerimi ifade etmem gerekirse öyle bir insanı kaybettiğimiz için üzgünüm" şeklinde konuştu.
Göknel, eşi Nurdan Erbuğ’un açıklamalarının ardından İSKİ’de yolsuzluk yaptığı iddiasıyla yargılanmış ve 5 yıl hapis cezasına çarptırılmıştı.